北京商标注册公司认为商标评审委员会撤销商标后申请人的侵权注册商标应当通过以下法律程序撤销：

首先，商标先申请人应当向商标评审委员会提出撤销申请，填写《撤销注册不当商标申请书》，一式两份交送商标评审委员会，并附送必要的证据和其他材料。注意，申请书应填写清楚规定的内容。

其次，商标评审委员会收到商标先申请人提交的申请书后应当进行审查。如果商标先申请人提交的申请手续不齐备或者未按照规定填写申请书，商标评审委员会可能作出不予受理的裁定，并向商标先申请人发出《不予受理通知书》；如果商标先申请人提交的申请手续基本齐备或者申请文件基本符合规定，但是需要补正时，商标评审委员会会向商标先申请人发出《撤销申请补正通知书》，要求限期补正。商标先申请人应按期予以补正，如果期满未补正，就视为商标先申请人放弃申请；如果商标先申请人准备的申请手续齐备且申请书填写符合规定，商标评审委员会则一定予以受理。

再次，商标评审委员会经审查并受理后，应当向商标先申请人发出《撤销申请受理通知书》，同时通知商标后申请人，并要求其限制提出答辩。商标后申请人应按规定期限进行答辩，如其不按期答辩或者拒绝答辩，不影响商标评审委员会的审理。

最后，商标评审委员会根据事实和法律正确地作出裁定，商标先申请人的合法权益一定会受到维护。

这就是北京商标注册公司对“商标评审委员撤销侵权注册商标应当通过哪些法律程序？”的解答。如果您想要申请商标注册，请联系我们在线客服，快商标有着多年专业的知识产权代理经验，专业的业务团队和全心全意为顾客服务的理念，能帮助您顺利申请。