申请合作开发的高新软件著作权涉及多方合作，需要仔细遵循一系列步骤和程序。以下是一般的申请流程，具体流程可能会因国家和地区的法规而有所不同。以下是一个基本的流程指南：

1. 评估软件创新性和高新性：

在开始申请流程之前，需要对合作开发的软件进行评估。确保软件具有足够的创新性、技术含量和高新性，符合高新技术软件著作权的申请条件。

2. 知识产权保护协议：

在合作开发开始阶段，制定明确的合同和协议，确保知识产权的归属清晰明了。这包括各方对软件著作权的权利和义务的明确定义。

3. 技术文档准备：

收集和整理软件的技术文档，包括技术方案、核心算法、功能设计、开发日志等。这些文件将在著作权申请中提供证明材料。

4. 申请材料准备：

根据相关法规和要求，准备高新技术软件著作权的申请材料。这可能包括：

申请表格填写

软件源代码和二进制代码

技术文档和开发文档

创新性和高新性的证明文件

5. 著作权局递交申请：

将准备好的申请材料递交至相关的著作权局。确保按照要求填写表格，并附上所有必需的文件和证明材料。

6. 著作权局审查：

著作权局将对申请进行审查，包括对软件创新性和高新性的评估。可能需要与著作权局的官员进行沟通，提供额外的信息或解释。

7. 等待审批结果：

在申请提交后，需要等待著作权局的审批结果。审批的时间可能因地区而异，通常需要数月的时间。

8. 申请著作权证书：

一旦获得批准，申请者将收到一份著作权证书。这是对软件著作权的正式确认，证明其合法性和独特性。

9. 维护和更新：

定期检查著作权的有效期，并确保按照法规要求进行维护和更新。

10. 市场推广：

一旦获得著作权，可以将其作为市场推广的资产，提升软件的商业价值。

在整个流程中，重要的是与专业的知识产权律师或专业机构合作，以确保申请的顺利进行，满足相关法规和要求。同时，及时更新自身对知识产权法律的了解，以保障合作开发软件著作权的权益。